共済組合を運営するため、議決機関、執行機関、監査機関の三つの機関が置かれ、執行機関の下に事務を処理する事務局が置かれています。

なお、このほか審査会、診療報酬調査委員会、障害審査委員があります。

不服審査機関「審査会」

組合員の資格、給付、掛金、組合員期間の確認や障害基礎年金に係る障害の程度の診査について不服のある人は、「審査会」に対し不服審査の請求をすることができます。
審査会は、組合員の権利利益の救済を図るために常置されており、組合員の代表、都及び区の代表、公益の代表それぞれ2人の計6人で組織されています。審査会委員の任期は3年で、理事長が委嘱しています。

諮問機関「診療報酬調査委員会」・「障害審査委員」

短期給付と長期給付の適正を期すための諮問機関として「診療報酬調査委員会」と｢障害審査委員｣が設けられています。それぞれ、理事長が委嘱した医師（7人以内）により組織されています。
各諮問機関の運営に関しましては、「診療報酬調査委員会」は年金保険部医療保険課（ダイヤルイン03-5320-7323）が、｢障害審査委員｣は年金課（ダイヤルイン03-5320-7331）が、それぞれ担当しています。

組合会議員名簿（令和６年４月５日現在）

区分	氏名	役職	所属・所属労組
任命議員	栗岡　祥一	理事長	東京都副知事
	笹沼　正一	理事	東京都職員共済組合事務局長
	佐藤　智秀	理事	東京都総務局長
	山下　聡		東京都財務局長
	入澤　幸	監事	特別区人事・厚生事務組合副管理者
	川野　正博	理事	大田区副区長
	寺田　好孝		新宿区副区長
	久我　英男		東京都交通局長
	西山　智之		東京都水道局長
	門倉　徹		東京消防庁人事部長
互選議員	鎌滝　裕輝	理事	東京都庁職員労働組合特別執行委員
	西村　剛		東京都労働組合連合会副執行委員長
	樋口  竜		東京都庁職員労働組合福祉保健局支部支部長
	岩間  弘	理事	墨田区職員労働組合特別執行委員
	籠谷　勝治	監事	特別区職員労働組合連合会書記長
	矢内  幸夫		練馬区職員労働組合執行委員長
	安田　直美		世田谷区職員労働組合特別執行委員
	見城　史浩	理事	東京交通労働組合書記長
	諸隈　信行	理事	全水道東京水道労働組合書記長

※ 任命議員とは、都知事が組合員のうちから任命した議員
※ 互選議員とは、組合員が組合員のうちから選挙した議員

監事名簿（令和４年12月１日現在）

区分	氏名	所属・所属労組
任命議員	入澤　幸	特別区人事・厚生事務組合副管理者
互選議員	籠谷　勝治	特別区職員労働組合連合会書記長
学識経験者	西川 晋司

審査会委員名簿（令和６年４月１日現在）

区分	氏名	所属・所属労組
組合員を代表するもの	籠谷　勝治	特別区職員労働組合連合会書記長
	諸隈　信行	全水道東京水道労働組合書記長
地方公共団体を代表するもの	保家 　力	東京都総務局総務部長
	山田　秀之	新宿区総務部長
公益を代表するもの	山崎　善久	弁護士
	関 　聡介	弁護士

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